Het NAP is meer dan 300 jaar geleden ontstaan in Amsterdam. Destijds kwamen overstromingen en wateroverlast vaak voor. De Allerheiligenvloed van 1675, waarbij grote delen van Noordwest-Nederland getroffen werden, was de aanleiding om tot betere bescherming tegen het water te komen. Daarvoor was het wel nodig om te weten wat de waterstanden waren. Een jaar lang werd daarop de waterstand in het IJ gemeten, die toen nog in verbinding stond met de Zuiderzee. Het gemiddelde van deze metingen was de basis van NAP, dat in eerste instantie het Amsterdams Peil werd genoemd. Deze nulmeting werd de basis voor verbeteringen van dijken en waterkeringen.
In de loop van de tijd werd het Amsterdamse Peil ook landelijk steeds meer de standaard. De norm werd door de koning in 1818 bekrachtigd. Latere nauwkeurigheidsaanpassingen zorgden voor een verbetering van het Amsterdamse Peil wat tot het NAP leidde. Deze naam dateert uit 1875. Overigens ligt bijna de helft van Nederland onder het NAP.
